W systemie wdrażania główną instytucją nadzorującą realizację Programu i zarządzającą Programem jest Instytucja Zarządzająca, której rolę pełni Departament Programów Wsparcia Innowacji i Rozwoju (poprzednio: Departament Konkurencyjności i Innowacyjności) w Ministerstwie Rozwoju (poprzednio Ministerstwo Infrastruktury i Rozwoju).
Duża część zadań – w celu sprawnej realizacji Programu - została przekazana na zasadzie delegacji uprawnień Instytucjom Pośredniczącym.
Funkcje trzech Instytucji Pośredniczących dla Programu pełnią:
a) Narodowe Centrum Badań i Rozwoju (dla Priorytetu 1. i 2.).
b) minister właściwy do spraw rozwoju (dla Priorytetu 3, 4, 5 i 6).
c) minister właściwy do spraw administracji i cyfryzacji (dla Priorytetu 7 i 8).
Obecnie funkcję tę pełni Departament Funduszy Strukturalnych w Ministerstwie Cyfryzacji (poprzednio Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji).
Instytucjami podległymi dla Instytucji Pośredniczących są Instytucje Wdrażające (inaczej Instytucje Pośredniczące II stopnia) w łącznej liczbie sześciu instytucji, tj. Ośrodek Przetwarzania Informacji - Państwowy Instytut Badawczy, Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości, Centrum Projektów Polska Cyfrowa, Polska Organizacja Turystyczna, Bank Gospodarstwa Krajowego oraz Departament Wdrażania Programów Operacyjnych w Ministerstwie Gospodarki.
Pełne dane kontaktowe do ww. instytucji dostępne są w: zakładce Instytucje w Programie, natomiast szczegółowy opis zadań jest dostępny w zakładce Kompetencje instytucji.
Opis systemu wdrażania Programu opisany jest szczegółowo w rozdziale 6 podstawowego dokumentu, tj Programu Operacyjnego Innowacyjna Gospodarka, 2007-2013.
Schemat systemu wdrażania Programu Innowacyjna Gospodarka (PDF 142 KB)